Διίστανται οι απόψεις που γεννήθηκε ο Καραϊσκάκης , υπάρχουν υποψίες ότι γεννήθηκε στην Φιλιππιάδα!

 Οι πρώτοι του βιογράφοι είτε δεν αναγράφουν τον τόπο γέννησης, είτε αναφέρουν διαφορετικές περιοχές όπως ότι γεννήθηκε σε σπηλιά πλησίον του χωριού Μαυρομμάτι Καρδίτσας  ή σε μοναστήρι στη Σκουληκαριά Άρτας και τώρα  τελευταία υπάρχουν ισχυρές ενδείξεις  ότι γεννήθηκε στην Φιλιππιάδα!

Γεννήθηκε τo 1782 νόθος γιος της Ζωής Διμισκή ή Ντιμισκή, από τη Σκουληκαριά, πρώτης εξαδέλφης του αρματολού των Ραδοβυζίων Γώγου Μπακόλα.

 Η μητέρα του, μετά τον θάνατο του Ιωάννη Μαυρομματιώτη, που ήταν ο πρώτος σύζυγός της, έγινε καλόγρια (γι' αυτό και του έμεινε η προσωνυμία «ο γιος της καλογριάς»). Για την ταυτότητα του πατέρα του δεν υπάρχει βεβαιότητα. Θεωρείται πιθανότερο ότι ήταν ο αρματολός του Βάλτου Δημήτριος Καραΐσκος.

Δεν είναι απολύτως εξακριβωμένος ο τόπος γέννησης του Καραϊσκάκη 

.

 Η επιτροπή που συνέστησε το Υπουργείο Εσωτερικών το 1927, προκειμένου να επιλύσει το θέμα της γενέτειράς του, κατέληξε στην επίσημη αναγόρευση του Μαυρομματίου ως γενέτειρας του Καραϊσκάκη. Παρ' όλα αυτά το 1997, στα πλαίσια του σχεδίου Καποδίστριας, αποφασίστηκε να δοθεί το όνομα «Γεώργιος Καραϊσκάκης» στον νεοσύστατο δήμο του νομού Άρτας  στον οποίο υπάγεται έως σήμερα η Σκουληκαριά και το 2005 με Προεδρικό διάταγμα καθιερώθηκε επίσημα στη Σκουληκαριά Άρτας δημόσια εορτή τοπικής σημασίας προς τιμή του Γεωργίου Καραϊσκάκη  εντείνοντας περαιτέρω τη διαμάχη ως προς τον τόπο γέννησης του ήρωα.

Τα παιδικά του χρόνια ήταν δύσκολα λόγω του οικογενειακού του ιστορικού αλλά και επειδή αναγκάστηκε να ζει μόνος χωρίς την υποστήριξη των γονέων του. Μεγάλη ψυχολογική και κοινωνική πίεση δέχθηκε λόγω του προηγούμενου. Ήταν φιλόνικος, βλάσφημος και βωμολόχος, χαρακτηριστικά που απέκτησε από αυτά τα δύσκολα παιδικά του χρόνια. Από την παιδική του ηλικία ήδη, έκανε τα πρώτα βήματά του ως κλέφτης. Ο Καραϊσκάκης έγινε περισσότερο γνωστός μετά την ενηλικίωσή του. Νεαρός έπεσε στα χέρια του Αλή Πασά των Ιωαννίνων, όπου και φυλακίσθηκε για παράνομες πράξεις, εκεί όμως έμαθε και κάποια γράμματα. Έτσι αρχικά υπηρέτησε στην αυλή του Αλή Πασά και τον ακολούθησε στην εκστρατεία του κατά του περίφημου πασά Πασβάνογλου στο Βιδίνιο της Βουλγαρίας, φίλου του Ρήγα Φεραίου. Στη εκστρατεία εκείνη ο Καραϊσκάκης αιχμαλωτίσθηκε από τις δυνάμεις του Πασβάνογλου και κρατήθηκε για κάποιο χρόνο. Στη συνέχεια επέστρεψε στην αυλή του Αλή Πασά.

Η πιο σκοτεινή περίοδος της ιστορίας του Καραϊσκάκη θεωρείται η παραμονή του στην αυλή του Αλή Πασά, μέχρι που λιποτάκτησε και πήγε στον Κατσαντώνη, όπως σημειώνει ο Γιάννης Βλαχογιάννης. Λέγεται πως όταν ο Αλή Πασάς ρώτησε κάποτε τον Καραϊσκάκη τι θα ήθελε να του προσφέρει, εκείνος του απάντησε:

"Αν με γνωρίζεις άξιο για αφέντη, κάνε με αφέντη, αν για δούλο, κάνε με δούλο, αν για τίποτα ρίξε με στη λίμνη ".

Κατά την πρώτη παραμονή του στην αυλή του Πασά παντρεύτηκε την Εγκολπία Σκυλοδήμου  από γνωστή οικογένεια των αρματωλών και απέκτησε την Πηνελόπη, κατόπιν σύζυγο του Ανδρέα Νοταρά υπουργού του Όθωνα και αργότερα απέκτησε την Ελένη και τον Σπύρο την επιμέλεια των οποίων όταν πέθανε άφησε στον ανηψιό του Μήτρο Σκυλοδήμο. Στη δεύτερη διαμονή του ασχολήθηκε με το εμπόριο σφαγίων. Τα καλοκαίρια διέμενε οικογενειακά κοντά στην Καλαμπάκα. Από μικρός όμως υπέφερε από φυματίωση και τακτικά κατέφευγε σε γιατροσόφους αλλά και Έλληνες και ξένους γιατρούς. Κατά τη διάρκεια της Επανάστασης πήγε στα Επτάνησα για να συμβουλευθεί γιατρούς. Νοσοκόμα του ήταν η περίφημη Μαριώ, νεοφώτιστη τουρκοκόρη που ακολουθούσε τον στρατηγό σε όλες του τις μετακινήσεις και επιχειρήσεις. Η Μαριώ θεωρήθηκε ερωμένη του, πράγμα που δεν επιβεβαιώνεται από την επιστημονική έρευνα.